本院除了已成立五個系所，各系所老師按個別專長進行研究，為了整合跨領域專長之師資作大型之研究計畫，於本大學成立工具機研究中心、電信研究
中心、網際網路研究中心、奈米設計與原型中心、晶片系統(SOC)研究中心、精密模具研究中心等，並大力推展建教合作，建立產學互動良好關係，以提昇研究及教學品質，並作技術移轉，以嘉惠工業界，建立良好的產學互動模式，共創社會福祉。
為因應配合未來亞太營運中心、綠色科技島及南部科學園區的發展，本院除積極增購更新儀器設備並聯繫國內外學有專精的教授以及相關產業界加強高科技產品之研發，以大幅提高國內之工業技術水準與研究品質。
為達成此一目的，本院各系所於課程規劃方面特別強調理論與實務並重，以培育學理與應用能力兼備之高級工業技術人才。同時積極訓練學生獨立思考之學習態度，使學生透過建教合作計畫之參與，培養其養成手腦並用與團隊合作的觀念，激發其潛能，啟發其領導能力，使其具備系統技術研發之優良能力，成為工業界所需之優秀工程人才。
本院各系所皆定期或不定期舉辦國內與國際性的學術活動，以促進學術交流並提昇中正大學工學院在國內外知名度。
有鑒於國家教育經費日漸緊縮，大學將走向經費自籌自主的挑戰，如何在現有研究教學基礎上，善用與整合有限資源，繼續向下紮根，對全球科技的大環境，保持開放彈性的態度，適時適當的調整研究重點，是中正大學工學院未來能否維持過去的成長，成功永續經營的重要決定因素。
本院在學校的創新育成中心與外界廠商的合作中，使得本院的研究能夠實際解決廠商所需的問題，更進一步可以使得中正大學工學院向雲嘉地區的研究與技術中心邁進。 本院系所涵蓋工程方面之重要領域，羅致國內外工程方面學有專精之優良師資，益以逐年充實更新各項儀器設備，招收有志於工程技術研發方面之青年學子，師生於此鳥語花香、風光明媚之學府，各盡所能，發揮潛力，共同開拓工程學術領域的嶄新天地，相信必能造就國家各項工程建設所需之專業人才。本院將以近三十年之研究成果為基礎，努力向下紮根，結合團隊力量，寄望在工學院的第三個十年將本院在所擬發展之重點科技上，包括精密機械、通訊工程、生物科技方面成為國內之研究教學重鎮，更長遠的願景則寄望成為世界上的第一流研究大學。